בשביעי למרץ 2003 הסתננה לקריית ארבע חוליית מחבלים. הם פרצו לבית משפחת הורביץ בזמן סעודת ליל השבת, רדפו אחרי בני הזוג בין החדרים ורצחו ביריות את אלי ואת רעייתו דינה, כשהם עומדים מחובקים.

אחד המחבלים מהם אף פוצץ חגורת נפץ בטרם חוסלו במטבח הבית בידי כיתת הכוננות שחשה למקום (שחבריה היו תלמידי הרב אלי).

הרב אלי הורביץ היה בן 51 במותו אשתו דינה בת 49